Transferts microbiens de fromages traditionnels Saint-Nectaire AOP lors de l'essuyage du fromage en conditions contrôlées mis en évidence par la méthode omique

1. Introduction et Objectifs
Divers agents biologiques (bactéries, moisissures, levures...) contribuent par leur activité métabolique à l'affinage du fromage. Dans la cave d'affinage, les soins aux fromages, tels que l'essuyage, peuvent disperser ces agents biologiques présents sur la croûte et ayant une capacité d'aérosolisation. Pour les opérateurs réalisant les soins des fromages, l'inhalation chronique de particules potentiellement allergènes libérées par les micro-organismes peut provoquer le développement de maladies respiratoires [1]. Les émissions et les transferts de microorganismes dans les caves d'affinage restent mal documentés [2,3]. L'étude visait à évaluer le transfert des microorganismes lors du frottage des fromages dans des caves expérimentales. Il s'est particulièrement concentré sur l'étude de la dispersion de la communauté microbienne à partir de fromages à longue maturation (CH_LR) en tant que donneurs et sur des fromages à courte maturation (CH_SR) et l'air (AR) en tant que récepteurs.
2. Matériels et Méthodes
Trente-six fromages Saint-Nectaire Appellation d'Origine Protégée (AOP) (CH_SR, CH_LR) ont été stockés et essuyés ou non essuyés, dans 3 caves expérimentales (INRAE, Aurillac). Des échantillons ont été prélevés pendant 4 semaines dans quatre environnements : croûtes de fromage, tissu utilisé pour essuyer les fromages, air et murs des caves. Les niveaux de bactéries et de champignons cultivables ont été évalués sur différents milieux de culture (n=92) et les communautés microbiennes ont été analysées par métabarcodage avec les gènes 16S rDNA et ITS (n=101).
3. Résultats, Discussion et Conclusion
Les résultats ont montré que les niveaux de champignons cultivables en suspension dans l'air augmentaient jusqu'à 7 log UFC/m³ pendant le frottage du fromage, comparé à un niveau de 2-3 log UFC/m³ sans frottage. Les analyses des profils microbiens ont révélé une dominance commune de genres pour les deux lots (CH_LR et CH_SR), identifiés comme Debaryomyces, Mucor et Penicillium. Néanmoins, CH_LR étaient principalement caractérisés par une plus grande abondance de Glutamicibacter et de Staphylococcus, tandis que Lactococcus était plus abondant dans CH_SR. Que les CH_LR soient essuyés ou non, Penicillium et Mucor étaient partagés entre les croûtes de fromage, les toiles à fromage et l'air. Cependant, l'essuyage du fromage a contribué (i) à augmenter l'abondance de Glutamicibacter, connu pour être lié au processus de maturation, dès la semaine 3 sur CH_SR (ii) à la dispersion de genres moins abondants. Chrysosporium de CH_LR à l'air puisque son abondance relative dans l'air était plus grande dans la cave où les CH_LR étaient essuyés.