Transferts microbiens associés aux soins fromagers dans des caves d'affinage pilotes accueillant des fromages AOP Saint-Nectaire ou Cantal

Divers agents biologiques (bactéries, moisissures, levures…) contribuent à l’affinage du fromage par leur activité métabolique. Dans les caves d’affinage, les soins apportés au fromage, comme l’essuyage, peuvent disperser des bioaérosols (Simon & Duquenne, 2014). L’inhalation chronique de particules potentiellement allergéniques peut entraîner le développement de maladies respiratoires. Cependant, les émissions et les transferts microbiens dans les caves d’affinage restent mal documentés. Afin de mieux comprendre les transferts microbiens des croûtes de fromage vers l’air, deux fromages AOP (Appellation d’Origine Protégée) nécessitant un essuyage pendant leur affinage ont été sélectionnés. Les fromages Saint-Nectaire (SN) et Cantal (CA) ont été placés dans des caves d’affinage pilotes pendant respectivement 4 et 9 semaines. Les fromages ont été essuyés chaque semaine conformément au cahier des charges de l’AOP (INAO (2014) ; INAO (2018)). Chaque semaine, des échantillons ont été prélevés sur les croûtes de fromage, les chiffons d’essuyage, l’air et les parois des caves. Les concentrations de bactéries et de champignons cultivables ont été évaluées (n = 92 pour SN et n = 116 pour CA), et les communautés microbiennes ont été analysées par métabarcoding (gènes 16S V3-V4 rRNA et ITS ; n = 101 pour SN et n = 100 pour CA).
Lors de l’essuyage des fromages, les concentrations de moisissures dans l’air ont augmenté jusqu’à 7 log UFC·m³ pour l’expérience SN, tandis que les concentrations de bactéries dans l’air ont atteint 6 log UFC·m³ pour l’expérience CA. L’analyse du profil microbien des croûtes SN a mis en évidence des genres dominants tels que Mucor, Penicillium et Debaryomyces, tandis que les croûtes CA étaient dominées par les genres Brevibacteriaceae, Lactococcus, Dermabacteraceae et Streptococcus. Dans les deux expériences, plusieurs des taxons les plus dominants des croûtes de fromage ont également été détectés dans l’air. Les taxons présents dans l’air variaient selon le type de fromage et le stade d’affinage.