Abondance et diversité de la communauté microbienne des bioaérosols d’une fromagerie française

Des bioaérosols ont été prélevés dans une entreprise fromagère fabriquant une dizaine de produits différents. Les objectifs étaient (i) d'étudier la communauté microbienne aéroportée (quantité/diversité) à l'aide de méthodes d'analyse moléculaire et (ii) d'apprécier comment les méthodes moléculaires améliorent la caractérisation des bioaérosols. Des prélèvements de bioaérosols ambiants ont été effectués à l'aide de cassettes en polypropylène 3 pièces à face fermée de 37 mm équipées d'une membrane en polycarbonate de porosité 0,8 µm à 2 ou 10 L.min-1, dans plusieurs zones de travail pendant les saisons d'hiver et d'été. Les bactéries et champignons aéroportés ont été quantifiés par comptage des colonies sur les milieux de culture et par PCR quantitative (qPCR). La communauté microbienne a été identifiée à l'aide du séquençage à haut débit des gènes ARNr16S et ITS1 avec une analyse de séquences effectuée sur la plateforme Galaxy Migale à l'aide du pipeline de traitement de données FROGS. Les résultats ont montré que les niveaux de concentration ambiante dépendaient de la zone de travail. Une émission massive de micro-organismes dans l'air a été constatée dans les zones où une tâche de brossage des fromages était effectuée, entraînant de fortes concentrations de champignons cultivables (jusqu'à 107 UFC/m3) et totaux (jusqu'à 1010 copies d'ARNr18S/m3). La corrélation entre moisissures cultivables et totales est discutée et les expositions individuelles sont évoquées. La communauté microbienne est caractérisée par la prédominance du genre fongique Penicillium et la composition en espèces dépend du type de fromage ou de la saison. Ces travaux apportent un éclairage nouveau sur ces situations de travail encore mal documentées et sont indispensables pour affiner le diagnostic des risques immunoallergiques des travailleurs concernés. La présentation traite de la complémentarité entre les méthodes basées sur la culture et les méthodes moléculaires pour l'évaluation des bioaérosols.