Comparaison de deux outils bioinformatiques pour l'étude de la biodiversité des bioaérosols dans les lieux de travail

Connaître la biodiversité des bactéries et des champignons dans les atmosphères de travail est devenu essentiel pour mieux appréhender l’exposition aux bioaérosols et réduire le risque d'exposition. La mise en culture est la méthode la plus utilisée pour identifier et quantifier les bioaérosols, mais n'identifie que 1 à 10% des micro-organismes. D'autres méthodes basées sur la biologie moléculaire, comme le séquençage à haut débit (HTS), permettent d'étudier la quasi-totalité des microorganismes d'un échantillon d'aérosol. Le HTS nécessite une analyse bioinformatique pour identifier et quantifier la communauté microbienne. Plusieurs outils bioinformatiques existent, mais aucune information n'est disponible concernant leurs similitudes ou leurs différences. Dans ce travail, nous avons comparé deux outils bioinformatiques largement utilisés, Mothur et FROGS, sur des échantillons d'aérosols d'une usine de tri de déchets. Les deux outils apportent des résultats similaires pour l’identification des phylums les plus abondants. Ce travail mérite d'être approfondi au niveau du genre et pourquoi pas en intégrant d'autres outils de bioinformatique.